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结构速递 | 一周“结构”要览 VOL.196(12.15~12.21)

2025/12/23


2025.12.15~2025.12.21

CNS刊登文章


01

Nature


2025/12/22

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“Non-equilibrium snapshots of ligand efficacy at the μ-opioid receptor”

μ-阿片受体中配体效能的非平衡态结构快照





不同配体作用于同一 G 蛋白偶联受体(GPCR)时,会在不同程度上激活细胞内信号通路,但驱动这些差异的分子机制仍不清楚。


来自美国斯坦福大学医学院的Georgios Skiniotis课题组假设,这种信号效能的差异可以在非平衡条件下的中间态中通过结构方式被捕捉。基于这一假设,研究者采用时间分辨(time-resolved, TR)冷冻电镜(cryo-EM)方法,观察在三种分别表现为部分激动剂、完全激动剂或超激动剂的配体结合状态下,μ-阿片受体(MOR)诱导 GTP 触发的 Gαiβγ 异源三聚体激活过程。研究者解析了沿着 G 蛋白激活通路分布的一系列构象状态,其中包括一种此前未被观察到的中间态,能够直接可视化受体动力学如何随结合配体而变化。结果显示,不同配体在状态占据比例和构象稳定性上存在显著差异,且配体效能越高,受体跨膜螺旋 TM5 和 TM6 的构象动态性越强。此外,研究者还鉴定了 Gi 与 Gs 在 GTP 诱导激活过程中的关键机制差异,这些差异可能是二者激活动力学不同的根本原因。结合分子动力学(MD)模拟和单分子荧光实验的验证,这些结果共同描绘了不同效能配体条件下 GPCR–G 蛋白相互作用的动态结构图景,并提示部分激动剂可能在 G 蛋白激活过程中形成一种“动力学陷阱”。

02

 Science 

2025/12/18

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“Conformational landscape adaptations enable processive phosphorylation by Src family kinases” 

构象景观适应使Src家族激酶的过程磷酸化成为可能


激酶介导的过程性磷酸化(processive phosphorylation)使信号枢纽蛋白能够在短时间内完成多位点修饰,从而在时间敏感的细胞事件中整合多种信号。要实现过程性磷酸化,底物在解离之前必须经历多个催化循环,因此快速的催化周转率至关重要。Src 家族激酶能够对多位点底物进行过程性磷酸化。


通过核磁共振(NMR)谱学研究,来自圣犹达儿童研究医院Charalampos G. Kalodimos课题组在 Src 的构象集合中鉴定到一种瞬态中间态,其构象位置介于活化态与失活态之间。该中间态有助于在 ATP 水解后快速释放二磷酸腺苷(ADP),从而保证高效的催化周转。去除这一中间态会使 Src、Lck 和 Hck 的过程性磷酸化能力丧失,并导致其功能受损。这些研究结果表明,Src 家族激酶的构象集合在进化过程中引入了一种关键的瞬态状态,从而支撑了其对底物进行过程性磷酸化的能力。

03

 Cell 

本周无




2025.12.15~2025.12.21

子刊刊登文章




01

Cell Research

本周无

02

Molecular Cell

12.19

“Toward community-driven visual proteomics with large-scale cryo-electron tomography of Chlamydomonas reinhardtii

基于莱茵衣藻大规模冷冻电子断层成像的社区驱动型可视化蛋白质组学




03

 Nature Structural & Molecular Biology

本周无




04

Nature Communications

12.15

1.“A comprehensive database for high-throughput identification of archaeal lipids using high-resolution mass spectrometry”

基于高分辨率质谱的古菌脂质高通量鉴定综合数据库

12.15

2.“Structure and mechanism of the broad spectrum CRISPR-associated ring nuclease Crn4”

广谱 CRISPR 相关环状核酸酶 Crn4 的结构与作用机制

12.15

3.“Structural basis for genome-wide site-specific DNA recognition by Nuclear Factor IA”

核因子 IA 在全基因组范围内进行位点特异性 DNA 识别的结构基础

12.16

4.“The resting and ligand-bound states of the membrane-embedded human T-cell receptor–CD3 complex”

膜嵌入状态下人 T 细胞受体–CD3 复合物的静息态与配体结合态

12.16

5.“A broadly neutralizing antibody confers cross-genus protection against alphaherpesviruses by inhibiting gB-mediated membrane fusion”

一种广谱中和抗体通过抑制 gB 介导的膜融合实现对 α-疱疹病毒属的跨属保护

12.16

6.“Molecular insights into ago-allosteric modulation at cysteinyl leukotriene receptor 2”

半激动-变构(ago-allosteric)调控作用于半胱氨酰白三烯受体 2 的分子机制解析

12.16

7.“Structural basis for ACT1 oligomerization induced by IL-17 receptor hetero-tetramer”

IL-17 受体异源四聚体诱导 ACT1 寡聚化的结构基础

12.16

8.“Expanded genetic alphabet increases structural and chemical diversity of six-letter DNA for high-affinity protein-targeting aptamers”

扩展遗传字母表增强六字母 DNA 的结构与化学多样性以获得高亲和力蛋白靶向适配体

12.16

9.“Calcium-sensitive synaptotagmin 11-lipid interaction modulates exo-endocytosis”

钙敏感的突触结合蛋白 11 与脂质相互作用调控胞吐-胞吞过程

12.16

10.“Structure of ATTRv-F64S fibrils isolated from skin tissue of a living patient”

来源于在世患者皮肤组织的 ATTRv-F64S 淀粉样纤维结构

12.16

11.“Molecular basis of XPF-ERCC1 targeting to SLX4-dependent DNA repair pathways”

XPF-ERCC1 靶向 SLX4 依赖性 DNA 修复通路的分子基础

12.17

12.“Peptidoglycan recruitment by a penicillin binding protein”

青霉素结合蛋白介导的肽聚糖招募机制

12.17

13.“3D-MINFLUX nanoscopy reveals distinct allosteric mechanisms for activation and modulation of PIEZO1 by Yoda1”

3D-MINFLUX 纳米显微揭示 Yoda1 激活与调节 PIEZO1 的不同变构机制

12.17

14.“Engineered antibodies that stabilize drug-modified KRASG12C neoantigens enable selective and potent cross-HLA immunotherapy”

稳定药物修饰 KRASG12C 新抗原的工程化抗体实现选择性且高效的跨 HLA 免疫治疗

12.17

15.“Structural snapshots of Pseudomonas aeruginosa LptB2FG and LptB2FGC reveal insights into lipopolysaccharide recognition and transport”

铜绿假单胞菌 LptB2FG 与 LptB2FGC 的结构快照揭示脂多糖识别与转运机制

12.17

16.“Structural insights into the coordinated regulation of the SLAH family in Arabidopsis thaliana

拟南芥中 SLAH 家族协同调控的结构机制解析

12.17

17.“PhaseT3M: 3D imaging at 1.6 Å resolution via electron cryo-tomography with nonlinear phase retrieval”

PhaseT3M:结合非线性相位恢复的冷冻电子断层成像实现 1.6 Å 分辨率三维成像

12.17

18.“Segmented filamentous bacteria undergo a structural transition at their adhesive tip during unicellular to filament development”

分段丝状细菌在由单细胞向丝状体发育过程中,其黏附端发生结构转变

12.18

19.“Molecular insights into ligand recognition and signaling of OXGR1”

OXGR1 配体识别与信号转导的分子机制解析

12.18

20.“Real-time capture of domain movements during copper amine oxidase catalysis by mix-and-inject serial crystallography”

利用混合-注射串行晶体学实时捕获铜胺氧化酶催化过程中的结构域运动

12.18

21.“Structural insights into cationic amino acid transport and viral receptor engagement by CAT1”

CAT1 介导阳离子氨基酸转运及其作为病毒受体的结构机制

12.18

22.“Molecular mechanisms of receptor recognition and antibody neutralization of coxsackievirus A6”

柯萨奇病毒 A6 的受体识别与抗体中和的分子机制

12.18

23.“Structural insights into C3 convertase activity of the classical pathway of complement”

补体经典途径中 C3 转化酶活性的结构基础

12.19

24.“Molecular basis of ApoER2-mediated Semliki Forest virus entry”

ApoER2 介导森林塞姆利基病毒入侵的分子基础

12.19

25.“Single-molecule microtubule dynamics measurements reveal an intermediate state and clarify the role of nucleotide”

单分子微管动力学测量揭示一个中间态并阐明核苷酸的作用

12.19

26.“Directed evolution of a TNA polymerase identifies independent paths to fidelity and catalysis”

TNA 聚合酶的定向进化揭示保真性与催化能力的独立进化路径

12.20

27.“Cryo-EM structure of TMEM164 reveals distinct phospholipid remodeling mechanisms with anti-ferroptotic potential”

TMEM164 的冷冻电镜结构揭示具有抗铁死亡潜力的磷脂重塑机制

12.20

28.“Structural basis for the assembly and energy transfer between the cyanobacterial PSI core and the double-layered IsiA proteins”

蓝藻光系统 I 核心与双层 IsiA 蛋白之间组装及能量传递的结构基础

12.21

29.“The cryo-EM structure of Photosystem I from Chromera velia with a bound superoxide dismutase heterodimer”

结合超氧化物歧化酶异源二聚体的 Chromera velia 光系统 I 冷冻电镜结构




05

Science Advances

12.19

1.“Mechanism of cotranslational modification of histones H2A and H4 by MetAP1 and NatD”

MetAP1 与 NatD 介导组蛋白 H2A 和 H4 共翻译修饰的机制

12.19

2.“Architecture and energy transfer of coccolithophore photosystem I with a huge light-harvesting antenna system”

具有巨大捕光天线系统的球石藻光系统 I 的结构与能量传递机制

12.19

3.“Structural basis of VLCFA chain-length determination by the KCS6-CER2 complex in plants”

植物中 KCS6-CER2 复合物决定超长链脂肪酸链长的结构基础