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结构速递 | 一周“结构”要览 VOL.198(12.29~1.04)

2026/01/06

2025.12.29~2026.1.04

CNS刊登文章

01

Nature

本周无


02

 Science 

2026/1/01

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1.“A SWI/SNF-specific Ig-like domain, SWIFT, is a transcription factor binding platform”

SWI/SNF 特异性的 Ig 样结构域 SWIFT 是一个转录因子结合平台


哺乳动物 SWI/SNF 染色质重塑复合体能够调控 DNA 可及性并调节基因表达;然而,其在基因组上的靶向机制仍未被完全阐明。


来自美国哈佛医学院的Cigall Kadoch课题组鉴定了 SWIFT(SWI/SNF Ig 折叠介导的转录因子相互作用结构域),这是存在于 SMARCD 亚基上的一种保守转录因子(TF)结合平台。SWIFT 对其与 PU.1 转录激活结构域的直接结合既是必要的也是充分的。单个氨基酸突变即可破坏 PU.1 与哺乳动物 SWI/SNF(mSWI/SNF)之间的相互作用,削弱复合体的靶向能力,并抑制 PU.1 依赖型癌细胞中的致癌转录程序和细胞增殖。将 SWIFT 结构域以单独形式显性表达,会将转录因子从 mSWI/SNF 复合体中“截留”,从而对转录因子依赖型癌细胞产生毒性作用。最后,研究者发现来自不同家族的转录因子能够与 SMARCD 不同旁系同源物特异性的 SWIFT 结构域发生相互作用。上述结果揭示了一种决定细胞类型和疾病特异性的 mSWI/SNF 染色质靶向的重要机制,并为其治疗性调控策略提供了理论依据。

2026/1/01

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2.“De novo design of small molecule–regulated protein oligomers”

小分子调控蛋白质寡聚体的从头设计


由小分子调控的蛋白质寡聚化通过以高时间精度控制蛋白之间的空间邻近性,为操纵生物过程提供了一种强有力的机制。然而,此类体系在自然界中极为少见,并且在从头设计(de novo design)中仍然面临重大挑战。


来自西湖大学曹龙兴团队与解明岐团队合作提出了一种计算方法,用于设计其组装过程可由具有匹配对称性的小分子配体所调控的蛋白同源寡聚体。研究者设计了由美国食品药品监督管理局(FDA)批准药物金刚烷胺(amantadine)调控的蛋白同源三聚体,并进一步设计了对金刚烷胺响应的异源二聚体和异源三聚体。生物物理学表征证实了这些体系具有金刚烷胺依赖的组装特性,其晶体结构与设计模型高度一致。我们还展示了这些体系在调控蛋白定位、无膜凝聚体形成以及基因表达等方面的广泛适用性。该研究为设计小分子响应型蛋白质开辟了新的途径,并拓展了用于操纵复杂生物过程的化学遗传学工具箱。

03

 Cell 

2025/12/29

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1.“Mechanisms of HSV-1 helicase-primase inhibition and replication fork complex assembly”

HSV-1 解旋酶–引物酶抑制机制及复制叉复合体组装机制



疱疹病毒是一类广泛存在的双链 DNA 病毒,能够在宿主体内建立终身潜伏,并引发多种疾病。尽管以 DNA 聚合酶为靶点的抗病毒药物疗效显著,但不断增加的耐药性凸显了开发替代疗法的迫切需求。解旋酶–引物酶抑制剂(helicase-primase inhibitors,HPIs)是一类很有前景的抗病毒药物,但其作用机制仍不清楚。此外,在疱疹病毒中,解旋酶–引物酶(H/P)复合体与 DNA 聚合酶如何协同完成基因组复制也尚未被充分理解。


来自美国哈佛医学院的Jonathan Abraham和Joseph J. Loparo合作报道了结合 HPI 的单纯疱疹病毒 1 型(HSV-1)H/P 复合体的冷冻电镜(cryo-EM)结构,结果表明这些抑制剂能够将 H/P 复合体锁定在失活状态。单分子实验进一步揭示,HPIs 会导致 H/P 复合体在 DNA 解旋过程中发生停滞。研究者还解析了一个结合 HPI 的复制叉复合体结构,该复合体由 H/P 复合体(UL5、UL52 和 UL8)以及聚合酶全酶(UL30 和 UL42)组成,揭示了一个此前未被表征的、连接这两类复合体的相互作用界面。这些发现为理解疱疹病毒复制体的组装机制以及推进抑制剂的研发提供了重要的结构学框架。

2026/1/02

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2.“Structure of pancreatic hIAPP fibrils derived from patients with type 2 diabetes”

来源于 2 型糖尿病患者的胰腺 hIAPP 纤维结构



2 型糖尿病(T2D)影响着全球近 10% 人口的生活质量和寿命。人胰岛淀粉样多肽(human islet amyloid polypeptide,hIAPP)是 T2D 患者胰岛淀粉样沉积的主要组成成分,且 hIAPP 纤维被认为在 T2D 的发病机制中发挥关键作用。


上海交通大学Bio-X研究院曹骎与附属新华医院张飞课题组合作解析了来自三位 T2D 供体、经手术切除胰腺样本中提取的 hIAPP 纤维的冷冻电镜(cryo-EM)结构。这些纤维表现出高度一致的形态,由两个对称的原纤维(protofilament)组成,涵盖 hIAPP 的第 2–37 位残基,并采用 Ω 形折叠构象。胰腺来源的 hIAPP 纤维结构不同于体外形成的纤维结构。此外,在胰腺 hIAPP 纤维中观察到额外的电子密度,提示可能存在配体结合,而这些配体可能在 T2D 的发病过程中发挥重要作用。总体而言,本研究揭示了病理性 hIAPP 纤维的原子分辨率结构,为 T2D 的治疗策略和致病机制研究提供了重要结构学基础。

2025.12.29~2026.1.04

子刊刊登文章


01

Cell Research

1.05

“Targeting PTPN13 with 11-amino-acid peptides of C-terminal APC prevents immune evasion of colorectal cancer”

靶向 PTPN13 的 APC C 端 11 个氨基酸多肽可阻止结直肠癌的免疫逃逸


02

Molecular Cell

12.30

“RNA anti-CRISPRs deplete Cas proteins to inhibit the CRISPR-Cas system”

RNA 型抗 CRISPR 分子通过耗竭 Cas 蛋白抑制 CRISPR-Cas 系统


03

 Nature Structural & Molecular Biology

本周无


04

Nature Communications

12.29

1.“Comparing cryo-EM methods and molecular dynamics simulation to investigate heterogeneity in ligand-bound TRPV1”

比较冷冻电镜方法与分子动力学模拟以研究配体结合状态下 TRPV1 的异质性

12.29

2.“Cryo-EM structures of the tubulin cofactors reveal the molecular basis of alpha/beta-tubulin biogenesis”

微管蛋白辅因子的冷冻电镜结构揭示 α/β 微管蛋白生成的分子基础

12.29

3.“γδ T cell receptor recognition of CD1d in a lipid-independent manner”

γδ T 细胞受体以非脂质依赖方式识别 CD1d 的机制

12.29

4.“Molecular characterisation of the Bacillus subtilis SpbK antiphage defence system”

枯草芽孢杆菌 SpbK 抗噬菌体防御系统的分子特征解析

12.30

5.“Defective cell-autonomous signalling and antigenic polyreactivity of B-cell receptors from chronic lymphocytic leukaemia stereotyped subset 1”

慢性淋巴细胞白血病刻板亚群 1 中 B 细胞受体的细胞自主信号缺陷及抗原多反应性

12.30

6.“A multi-grained symmetric differential equation model for learning protein-ligand binding dynamics”

用于学习蛋白–配体结合动力学的多粒度对称微分方程模型

12.31

7.“Sideways lipid presentation by the antigen-presenting molecule CD1c”

抗原呈递分子 CD1c 的侧向脂质呈递机制

12.31

8.“EatA mediated degradation of intestinal mucus is species-specific and driven by MUC2 structural features”

EatA 介导的肠道黏液降解具有物种特异性,并由 MUC2 的结构特征驱动

1.02

9.“Neutralizing human monoclonal antibodies to poliovirus map to the receptor binding site”

中和性人源单克隆抗体针对脊髓灰质炎病毒的受体结合位点

1.03

10.“Mechanistic insights into recruitment and regulation of the RNA helicase UPF1 in replication-dependent histone mRNA decay”

RNA 解旋酶 UPF1 在复制依赖型组蛋白 mRNA 降解中的募集与调控机制

1.03

11.“Structure and immunogenicity of an engineered soluble prefusion-stabilized EBV gB antigen”

工程化可溶性预融合稳定化 EBV gB 抗原的结构与免疫原性

1.03

12.“WRN structural flexibility showcased through fragment-based lead discovery of inhibitors”

通过基于片段的抑制剂先导发现揭示 WRN 的结构柔性


05

Science Advances

1.01

1.“Human FcRL5 is an Fc receptor that simultaneously engages two IgGs”

人源 FcRL5 是一种可同时结合两分子 IgG 的 Fc 受体

1.01

2.“Architectural principles of transporter-chaperone coupling within the native MHC I peptide-loading complex”

天然 MHC I 肽装载复合体中转运蛋白–伴侣蛋白耦合的结构原理

1.02

3.“AI-assisted protein design to rapidly convert antibody sequences to intrabodies targeting diverse peptides and histone modifications”

AI 辅助蛋白设计可将抗体序列快速转化为靶向多种多肽及组蛋白修饰的胞内抗体